Flynderupgård har navn efter en lille forsvunden landsby, der hørte under Esrum Kloster og navnet kendes helt tilbage fra 1200-tallet.

Under reformationen 1536 overgik gården til kongen, som ca. 30 år senere afgav gården til Helsingør Almindelige Hospital. Hospitalet solgte ud af sine jordbesiddelser i 1803 og konsul Simon Borserondo blev den første private ejer af Flynderupgård, som dengang bestod af den trelængede gård, som ligger længst mod øst.

I 1835-39 lod den daværende ejer overretsprokurator Frederik Ferdinand Hansen den nuværende hovedbygning med sidelænger opføre. Han døde, inden han nåede at flytte ind og gården med 110 tønder land blev købt på auktion af kirurg Pabst.

Derefter er der skiftende ejere, bl.a. folketingsmand Jørgen Rasmussen i 1856 og i 1900 fabrikant Emil Falck, der udvidede haven og anlagde en sti ned til en lille sø i Egebæksvang.

I 1915 overtog kaffegrosserer Rasmussen gården og der skete store forandringer. De store avlsbygninger med stalde og den store hejselade blev opført og hovedbygningen fik ny hovedtrappe og terrasse mod haven. Desuden indlagdes centralvarme og indrettet flere værelser på 1. sal. Årstallet 1915 står stadig over hovedindgangsdøren.

I 1929 købte direktøren for Palladium Film Flynderupgård, som blev anvendt som kulisse i flere af hans film. Under 2. verdenskrig blev Palladiums råfilm gemt i stengrotten på en udsigtshøj vest for hovedbygningen. Landsretssagfører Chr. Frederiksen købte gården i 1944. Hans søn Mogens bestyrede gården, som nu var på 129 hektar.

I 1978 solgtes Flynderupgård til Helsingør Kommune.

Igennem tiderne har Flynderupgård haft 18 borgerlige ejere. De fleste af disse havde en landbrugsmæssig uddannelse, men ansatte bestyrere til den daglige drift. Derfor kaldes Flynderupgård en lystgård.

I slutningen af 1800-tallet drev Per Marquard Otzens oldefar H.J.V.Stahl selv sit landbrug. Per Marquard Otzen har sendt foreningen nogle billeder. På ovenstående billede ses fra venstre hans mormor og dernæst hendes far, Herman Jacob Vallentin Stahl, med hvid kasket, 1899 •