Flynderupgård har navn efter en lille forsvunden landsby, Flynderup, der hørte under Esrum Kloster som forsyningsgård til klosteret i Helsingør. Navnet kendes helt tilbage fra 1200-tallet.

Efter reformationen 1536 overgik al jorden til kongen, Frederik den ll. I 1562 gav kongen i gavebrev jorde og gårde til Helsingør Almindelige Hospital, og Flynderup var således forsyningsgård til hospitalet i 240 år.  Som følge af jordreformerne i 1700- tallets slutning solgte Hospitalet sine jordbesiddelser i 1803. Den franske konsul Simon Brasseronde blev den første private ejer af de to gårde, der lå i den lille landsby Flynderup.

I 1835-39 lod den daværende ejer, der var overretsprokurator på de dansk-vestindiske øer, Frederik Ferdinand Hansen, den nuværende hovedbygning med sidelænger opføre. Han døde, inden han nåede at flytte ind, og gården med 110 tønder land blev købt på auktion af kirurg Pabst i efterpåret 1839.

Derefter er der skiftende ejere, bl.a. folketingsmand Jørgen Rasmussen i 1856 og i 1900 fabrikant Emil Falck, der udvidede haven og anlagde en sti ned til den lille sø med ø i Egebæksvang, den vi idag kalder kysseøen.

I 1915 overtog kaffegrosserer Rasmussen gården og der skete store forandringer. De store avlsbygninger med stalde og den store hejselade blev opført og hovedbygningen fik ny hovedtrappe og terrasse mod haven. Desuden indlagdes centralvarme og der blev indrettet flere værelser på 1. sal. Årstallet 1915 står stadig over hovedindgangsdøren.

I 1929 købte direktøren for Palladium Film Flynderupgård, som blev anvendt som kulisse i flere af hans film. Under 2. verdenskrig blev Palladiums råfilm gemt i stengrotten på en udsigtshøj vest for hovedbygningen. Landsretssagfører Chr. Frederiksen købte gården i 1944. Hans søn Mogens bestyrede gården, som nu var på 129 hektar. Fotoet viser en del af det store folkehold, der var på gården i 1950'erne.

I 1975 købte Helsingør Kommune gården af den sidste private ejer, Johannes Baumgaard.

Igennem tiderne har Flynderupgård haft 18 borgerlige ejere. De fleste af disse havde ikke en landbrugsmæssig uddannelse, men ansatte bestyrere til den daglige drift. Derfor kaldes Flynderupgård en lystgård.

I slutningen af 1800-tallet drev Per Marquard Otzens oldefar H.J.V.Stahl selv sit landbrug. Per Marquard Otzen har sendt foreningen nogle billeder. På ovenstående billede ses fra venstre hans mormor og dernæst hendes far, Herman Jacob Vallentin Stahl, med hvid kasket, 1899 •